2023年10月にインボイス制度が開始されてから、3年近くが経過しました。それでも「一人親方や小規模下請が免税事業者のままで、自社の消費税の処理をどうすればいいか分からない」と悩む元請会社の経営者は多くいます。建設業は一人親方・免税の下請業者が多い業種であり、他業種よりもインボイス制度の影響を直接受けやすい構造です。本記事では元請会社の立場から、免税業者との取引をどう整理・見直すかを解説します。くわしくはインボイス未登録の値引きは2023年末で約37%｜一人親方の対応策もご覧ください。
インボイス制度の基本と建設業への影響
インボイス制度（適格請求書等保存方式）とは、課税事業者が仕入税額控除を受けるために、適格請求書発行事業者（インボイス登録事業者）が発行した請求書の保存を義務付ける制度です。
問題になるのは、取引相手がインボイスを発行できない免税事業者の場合です。元請（課税事業者）が免税の下請に外注費・労務費を支払っても、その消費税分の仕入税額控除が受けられなくなります。
| 取引相手 | 仕入税額控除 | 元請への影響 |
|---|---|---|
| インボイス登録済みの課税業者 | 全額控除可能 | 影響なし |
| インボイス未登録の免税業者 | 経過措置終了後は控除不可 | 消費税分が実質的なコスト増になる |
建設業では一人親方・個人経営の職人が免税事業者（基準期間の課税売上高が1,000万円以下）のケースが多く、元請会社への影響は他業種と比べて大きくなりやすい状況です。
免税業者との取引で実際に発生する消費税の損失額
具体的な数字で確認します。
年間外注費が税抜1,000万円（税込1,100万円）の一人親方（免税事業者）に発注している場合：
| 時期 | 仕入税額控除 | 控除できない消費税額 |
|---|---|---|
| 2023年9月まで（旧制度） | 100万円控除 | 0円 |
| 2023年10月〜2026年9月（経過措置 80%） | 80万円控除 | 20万円 |
| 2026年10月〜2028年9月（経過措置 70%） | 70万円控除 | 30万円 |
| 2028年10月〜2030年9月（経過措置 50%） | 50万円控除 | 50万円 |
| 2030年10月〜2031年9月（経過措置 30%） | 30万円控除 | 70万円 |
| 2031年10月以降（経過措置の終了） | 0円 | 100万円 |
※令和8年度（2026年度）の税制改正で、2026年10月からの割合は当初予定の50%から70%に見直され、経過措置は2031年9月まで延びました（国税庁「令和８年度税制改正特集」）。あわせて、2026年10月1日以後に始まる課税期間からは、1つの免税事業者などからの仕入れが年間（事業年度）で税込1億円を超えると、超えた部分にこの経過措置は使えません。
免税の一人親方への発注額が年間 税抜1,000万円の場合、経過措置が終わる2031年10月以降は年間100万円が仕入税額控除できなくなり、実質的な外注コストが増加します。複数の免税業者と取引している会社では、この影響が積み重なります。
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選択肢1：下請・一人親方にインボイス登録を促す
取引相手がインボイス登録（課税事業者への登録）を行えば、元請側の仕入税額控除は従来どおり受けられます。ただし、インボイス登録した下請は消費税の申告・納付義務が生じるため、実質的な手取り収入が減ります。登録を促す場合は、その負担に配慮した単価の見直し交渉をセットで行うことが実務上の誠実な対応です。
選択肢2：免税業者のままにして自社がコスト増を吸収する
少量の発注で影響が小さい場合や、長年の関係を重視する場合は、控除できない消費税分を自社コストとして計上する方法があります。経過措置期間（2031年9月まで）は段階的に控除率が下がるため、完全施行前に方針を決めておく必要があります。
選択肢3：インボイス登録事業者との取引に切り替える
新規の外注先・一人親方の選定基準に「インボイス登録済みであること」を加えることで、将来の税務リスクを低減できます。既存取引先については段階的な切り替えを計画します。
独禁法・建設業法上の注意点——値下げ強要は違法になりうる
インボイス未登録を理由に下請への支払金額を一方的に減額することは、独占禁止法上の優越的地位の乱用・建設業法違反に該当するおそれがあります。公正取引委員会はこの点についてガイドラインを公表しており、以下の行為は問題になりうるとされています。
- 消費税相当額の全部または一部を支払わないこと
- インボイス登録を条件に、登録前より低い単価で契約すること
- インボイス未登録を理由に取引を打ち切ると一方的に通告すること
対応の方向性を決める際は、「取引相手との協議・合意の上で進める」ことが必須です。元請会社からの一方的な条件変更は法的リスクを伴います。
下請業者のインボイス登録状況を確認する方法
取引先がインボイス登録済みかどうかは、国税庁の「適格請求書発行事業者公表サイト」で登録番号（Tから始まる13桁の番号）を入力して確認できます。請求書に登録番号の記載がなければ、未登録の免税事業者である可能性があります。
社内の外注先リストと照合して、登録済み・未登録の区分を今すぐ整理することをお勧めします。
まとめ
- 【重要】控除率80%の経過措置は2026年9月末で終了。10月以降は70%に下がります（税制改正で当初予定の50%から見直し）。まだ免税業者との取引方針が決まっていない場合は今すぐ動き始めてください。
- インボイス未登録の免税業者との取引では、2031年10月以降は消費税の仕入税額控除が全額受けられなくなる。一人親方が多い建設業では外注費全体に対する影響額が大きくなりやすい。
- 対応は「登録促進・自社吸収・取引先切替」の3択。選択肢ごとにコストと関係性への影響が異なるため、取引先ごとに方針を決める必要がある。
- 免税を理由にした一方的な値下げ・取引打切は独禁法・建設業法上のリスクがある。取引先との協議を記録に残しながら進めることが重要。
今すぐできる次のアクション
- 社内の外注先リストを作り、国税庁の公表サイトで各業者のインボイス登録番号を確認する。未登録業者への発注額を集計し、自社への影響金額を試算してください。
- 影響金額が大きい取引先から順に、インボイス登録に関する協議を開始する。協議内容・合意事項は書面または電子メールで記録を残してください。
よくある質問（FAQ）
免税事業者の下請業者に今後発注できる？
インボイス未登録の免税事業者への発注は引き続き可能ですが、元請業者は仕入税額控除が制限されます。経過措置として、2026年9月までは80%、2026年10月〜2028年9月は70%、2028年10月〜2030年9月は50%、2030年10月〜2031年9月は30%の控除が認められます（令和8年度税制改正の後の割合）。
インボイス未登録の一人親方への対応方法は？
主な選択肢は①インボイス登録を勧める ②発注金額を税込で据え置く ③消費税相当額を値引き交渉するの3つです。強制的な登録要求や一方的な値引きは建設業法・独占禁止法に抵触する場合があります。
2026年10月から何が変わりますか？
免税事業者などからの仕入れで控除できる割合が、80%から70%に下がります（令和8年度税制改正で、当初予定の50%から見直されました）。また、2026年10月1日以後に始まる課税期間からは、1つの免税事業者などからの仕入れが年間（事業年度）で税込1億円を超えると、超えた部分には経過措置が使えません。
一人親方がインボイス登録したとき、納税の負担を軽くする方法はありますか？
免税事業者からインボイス登録した個人事業者は、納める消費税を売上の税額の2割とする「2割特例」を、2026年9月30日を含む課税期間（個人事業者なら2026年分）まで使えます。その後、個人事業者には2027年分と2028年分の申告で3割とする「3割特例」が設けられました。条件は国税庁の案内で確かめてください。
この記事は一般的な情報をまとめたものです。法令や制度は変わることがあるため、最新の内容は公表元で確認し、個別の判断は窓口の役所や専門家（行政書士・社会保険労務士・税理士など）に相談してください。・国税庁「インボイス制度に関する令和８年度税制改正について」
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